Die Ursprünge des Unternehmens reichen bis ins Jahr 1836 zurück, als David Sprüngli (1776–1862) und sein Sohn Rudolf Sprüngli-Ammann (1816–1897)  in der Zürcher Altstadt ein kleines Süßwarengeschäft kauften und unter dem Namen David Sprüngli & Son Schokolade produzierten. Bevor sie 1845 an den Paradeplatz zogen, gründeten sie eine kleine Fabrik, in der sie 1838 ihre Schokolade in festiger Form produzierten.

Als Rudolf Sprüngli-Ammann 1892 in den Ruhestand ging, gab er seinen Söhnen zwei gleichberechtigte Geschäftsbereiche. Der jüngere Bruder David Robert erhielt zwei Süßwarengeschäfte, die unter dem Namen Confiserie Sprüngli bekannt wurden. Der ältere Bruder Johann Rudolf erhielt die Schokoladenfabrik. Um die notwendigen Finanzmittel für seine Expansionspläne zu beschaffen, baute Johann Rudolf 1899 sein Privatunternehmen in die Chocolat Sprüngli AG um. Im selben Jahr erwarb er die Schokoladenfabrik von Rodolphe Lindt (1855–1909) in Bern, die Lindt 1879 gegründet hatte, und das Unternehmen änderte seinen Namen in „Aktiengesellschaft Berner und Zürcher Chocoladefabriken Lindt & Sprüngli“ (Vereinigte Bern und Zürch Lindt und Sprungli Schokoladenfabrik AG).

Obwohl in der Schweiz 1875 feste Milchschokolade erfunden worden war, begann Lindt 1934 erstmals mit der Produktion von Milchschokolade. Zuvor produzierte es nur dunkle Schokolade.

1936 unterzeichnete Lindt & Sprüngli einen Produktionslizenzvertrag mit der deutschen Firma Leonard Monheim AG. 1986 übernahm Lindt & Sprüngli die Produktion und seitdem wird der Großteil seiner international vertriebenen Produkte in Aachen nahe dem Westbahnhof hergestellt.